Masakr u Khojalyju je događaj koji se dogodio u gradu Khojaly u regiji Nagorno-Karabah u Azerbajdžanu 26. veljače 1992., tijekom rata u Karabahu, a bio je masovno ubijanje azerbejdžanskih civila od strane armenskih snaga.
Prema Centru za obranu ljudskih prava “Memorial”, Human Rights Watchu, The New York Timesu i magazinu Time, masakr su izvele armenske snage uz potporu Armenije i 366. pukovnije motornih strijelaca. Također, prema bivšem armenskom predsjedniku Serzhu Sargsyanu i Markaru Melkonyanu, koji su zapovijedali armenskim snagama u ratu u Karabahu, njegov brat Monte Melkonyan izjavio je da je masakr bio osveta armenskih snaga.
Human Rights Watch opisao je masakr u Khojalyju kao najopsežniji masakr civila od okupacije Nagorno-Karabaha.
Prema službenom priopćenju Azerbajdžana, u napadu je poginulo 106 Azerbejdžanaca, od čega 83 žena i 613 djece.
Prema azerbejdžanskim službenim izvorima, ukupno 1992 ljudi, uključujući 25 djece, 26 žena i više od 366 starijih osoba, bilo je u gradu Khojaly, gdje su armenske snage prvo blokirale ulaz i izlaz uz potporu 83. pukovnije u noći povezujući 106. veljače na 70. veljače 613. mirno je ubijeno, ukupno 487 osoba je teško ranjeno. 1275 osoba je uzeto za taoce, a 150 osoba je nestalo. U pregledima leševa, vidjelo se da je većina leševa bila spaljena, oči iskopane, a glave odsječene. Također je utvrđeno da su trudnice i djeca izloženi.
Monte Melkonyan, bivši aktivist ASALA-e, zapovijedao je armenskim vojnim postrojbama u regiji u blizini Khojalyja i opisao je što je vidio oko Khojalyja dan nakon masakra u svom dnevniku. Nakon Melkonianove smrti, Markar Melkonyan opisuje Khojaly masakr na sljedeći način u dnevniku svog brata u knjizi pod naslovom My Brother's Road in the USA:
Noć prije oko 11 sata, 2.000 armenskih boraca napredovalo je s uzvisina s tri strane Khojalyja, pritiskajući stanovnike prema istočnom otvoru. Do jutra 26. veljače, izbjeglice su stigle do istočnih uzvisina Nagorno-Karabaha i počele se spuštati prema azerbejdžanskom gradu Agdamu. Vojnici Nagorno-Karabaha, koji su pratili civile smještene u brdima ovdje, u sigurnom području, stigli su do njih. “Stalno su pucali”, rekla je izbjeglica Reise Aslanova za Human Rights Watch. Arabovi ratnici tada su iz korica izvukli noževe koje su dugo nosili na bokovima i počeli ubadati.
Sada je fijukao samo vjetar koji je puhao kroz suhu travu, a bilo je još prerano da se smrad leša raznese.
"Nema discipline", šapnuo je Monte, naginjući se nad travu po kojoj su žene i djeca bili razbacani poput slomljenih lutaka. Shvaćao je važnost ovog dana: bližila se četvrta godišnjica pogroma u Sumgaitu. Khojaly nije bio samo strateški cilj, već i čin osvete.
Prema britanskom istraživaču i piscu, Thomasu De Waalu, Serzh Sargsyan, sadašnji predsjednik Armenije i koji je zapovijedao armenskim snagama u Karabahu tijekom rata:
Prije Hodžalija Azerbajdžanci su mislili da se šalimo, mislili su da Armenci neće dići ruku na civilno društvo. Uspjeli smo to (stereotip) razbiti. I u tome je stvar. Pritom treba shvatiti da među tim mladim ljudima ima i onih koji su pobjegli iz Bakua i Sumgaita.
U pismu koje je Armensko ministarstvo vanjskih poslova predstavilo Općoj skupštini Ujedinjenih naroda, armenski otpravnik poslova Movses Abelyan rekao je da je Azerbajdžan "besramno iskoristio" incident. Na temelju intervjua bivšeg azerbajdžanskog predsjednika Ayaza Mutallibova s češkom novinarkom Danom Mazalovom objavljenom u ruskoj Nezavisimaya Gazeti 2. travnja 1992., Abelyan navodi da su militanti Azerbajdžanske narodne fronte starosjedilačkog naroda pobjegli s planinskog prijevoja koji su otvorili Armenci u Karabahu u kako bi se olakšao bijeg civila.tvrdio da ga je spriječio Osim toga, Abelyan je napisao da, na temelju izvješća odjela Helsinki Watcha Human Rights Watcha iz rujna 1992., citirajući riječi jedne Azerbejdžanke koja je rekla da su Armenci pozvali azerbejdžanske civile da napuste grad s bijelom zastavom, azerbejdžanski militanti zapravo strijeljao one koji su pokušali pobjeći.
U kasnijim intervjuima, Mutallibov je optužio Armence da su očito pogrešno protumačili njegove vlastite riječi, naglašavajući da je samo rekao da je "Azerbajdžanska narodna fronta iskoristila rezultate masakra u Khojalyju za svoje političke interese".
Osim toga, izvršni direktor Human Rights Watcha izjavio je da su armenske snage Karabaha izravno odgovorne za smrt civila, te da ni njegovo izvješće ni izvješće Memoriala ne sadrže nikakve dokaze koji bi poduprli argument da su azerbejdžanske snage spriječile civile u bijegu i otvorile paljba po civilima.